Kolozsváron az első modern egyetem 1872-ben alakult, amely később fölvette a Ferenc József Tudományegyetem nevet. 1919-ben Szegedre menekült, miután Kolozsváron megalakult a román nyelvű egyetem, amely később I. Ferdinánd Tudományegyetem lett. 1945–1959 között Kolozsváron működött a román nyelvű Victor Babeş Tudományegyetem és a magyar nyelvű Bolyai Egyetem. 1959-ben felső pártutasításra a két egyetemet összevonták, amely jelenleg Babeş-Bolyai Tudományegyetem néven működik.

A magyar tagozat jelenlegi felépítésére vonatkozóan lásd az egyetem honlapját

Az egyetem részletesebb történetét lásd a BBTE honlapján